愛(ài)沙尼亞航空于1991年12月1日開(kāi)始營(yíng)運，在愛(ài)沙尼亞獨立后不久得到恢復營(yíng)運，并在1996年部分私有化。 在1995年，愛(ài)沙尼亞航空租借兩架波音737 - 500s ，以取代舊的蘇聯(lián)飛機，并在1996年獲得兩架福克F50飛機，蘇聯(lián)的機隊可說(shuō)是全部“退休”。

在2007年3月，愛(ài)沙尼亞航空宣布，他們將租賃另一架波音737-500和服務(wù)一個(gè)新的目的地——維也納。愛(ài)沙尼亞航空租用兩架薩博集團340客機和在2008年6月愛(ài)沙尼亞航空建立了一個(gè)新的公司——愛(ài)沙尼亞航空區域。據稱(chēng)，愛(ài)沙尼亞航空還會(huì )開(kāi)辦由塔林至庫雷薩雷、塔林至斯德哥爾摩、塔林至赫爾辛基和塔林至維爾紐斯的航線(xiàn)，稍后還會(huì )開(kāi)辦由塔林至圣彼得堡以及塔林至明斯克的航線(xiàn)

愛(ài)沙尼亞航空公司與北歐航空具有很強的聯(lián)系，經(jīng)常飛行北歐航空位于哥本哈根、奧斯陸和斯德哥爾摩的樞紐。愛(ài)沙尼亞航空擁有良好的聯(lián)系網(wǎng)絡(luò )，參加北歐航空的EuroBonus飛行獎勵計劃，此外還與北歐航空共享統籌的時(shí)間表和共享機場(chǎng)貴賓休息室等等，亦共享其他產(chǎn)品和服務(wù)。

北歐航空是星空聯(lián)盟的成員，但由于運營(yíng)商有不同，所以愛(ài)沙尼亞航空并不屬于星空聯(lián)盟或任何其他航空聯(lián)盟。北歐航空擁有愛(ài)沙尼亞航空49%的股權、愛(ài)沙尼亞政府擁有愛(ài)沙尼亞航空34%的股權，而Cresco投資銀行擁有愛(ài)沙尼亞航空17%的股權。截至2007年3月，愛(ài)沙尼亞航空擁有380名員工。. 在2008年11月27日，愛(ài)沙尼亞總理安德魯斯·安西普宣布北歐航空曾要求愛(ài)沙尼亞注資愛(ài)沙尼亞航空，以拯救航空公司。愛(ài)沙尼亞政府正在談判，而渡輪公司Tallink則反對提議。